From Bibus

Contents 1 Pantalla principal de Bibus 1.1 Árbol de entradas 1.2 Lista de Referencia 2 Editar/Crear una referencia 2.1 Editor de la Referencia 2.2 El campo URL - abriendo un URL (dirección web o archivo) 2.3 Consejos a la hora de introducir información 3 Cómo borrar una referencia 4 Crear y utilizar atajos 5 Creating and using shortcuts 6 Sharing References 7 Interacting with a wordprocessor 7.1 Make openoffice writer listen 7.2 Inserting a citation 7.3 Formatting the bibliography 8 Styles 8.1 Using styles 8.2 Creating a style 8.2.1 Style informations 8.2.2 Bibliographic index 8.2.3 Fields formatting 8.2.4 Fields ordering 8.2.5 Citation

Pantalla principal de Bibus

La pantalla principal de Bibus intenta ser tan intuitiva como para aquél que trabaja con un cliente de correo electrónico. A la izquierda, tenemos un árbol con entradas. Cada entrada está asociada con una lista de referencias. Cuando la entrada es seleccionada, las referencias asociadas con ella se listan en la 'vista de lista' en el panel superior al lado derecho de la ventana. Cuando una referencia es seleccionada, la misma se muestra en el panel inferior derecho de la ventana. En la imagen de abajo, la entrada seleccionada es 'References', la referencia seleccionada es 'Alvarez2001' y la misma muestra el abstract, etc abajo a la derecha.

En la barra de estado, se muestra la siguiente información de izquierda a derecha: help messages | number of references in the selected key : number of selected references | style selected.

Árbol de entradas

Las entradas se ordenan sin ninguna raíz. Existen ocho categorías principales: 'All my references', 'References', 'Tagged', 'Queries', 'PubMed search', 'Import buffer', 'Cited' and 'Non-classified'. En este nivel no se pueden modificar o añadir alguna entrada. Antes que nada, describiré estas categorías:

• 'All my references' muestra todas las referencias que se han incluido.
• 'References': aquí es donde podrás clasificar tus referencias. Puedes añadir sub-entradas, modificar sus nombres, moverlas usando drag & drop, etiquetar, etc. Para hacerlo, se puede utilizar el popup que aparece una vez apretado el botón derecho sobre la entrada o el tercer menú 'Reference'. La forma preferida es a través del botón derecho, ya que aparecen más posibilidades que en el menú.
• 'Tagged': esta categoría permite una organización rápida de tus referencias. Cuando te mueves entre las referencias, a veces puedes necesitar etiquetar una referencia para recordarla más adelante. En esos casos, selecciona la referencia y presiona Ctrl + 't' (en las versiones superiores a Bibus 1.3, solo 't') y la referencia se copiará bajo la entrada 'Tagged'.
• 'Queries': más adelante veremos de qué manera se definen las búsquedas. Se las podría considerar como 'búsquedas en tiempo real'. Se define una búsqueda y se la guarda. Cuando se presiona en dicha definición, Bibus busca en la base de datos y muestra las referencias que coinciden con la búsqueda. Si la base de datos se modifica, la búsqueda se actualiza automáticamente. De hecho, una definición de búsqueda es algo tan simple como una definición SQL.
• 'Búsquedas PubMed': si realizas una búsqueda PubMed, el resultado se encuentra aquí.
• 'Import buffer': al momento de importar un archivo (por ejemplo, en formato Medline o EndNote/Refer), el resultado se halla disponible aquí. Es un archivador temporal y las referencias se perderán si no las ubicas en la entrada o subentrada correspondiente.
• 'Cited': si la conexión con OOo se encuentra activa, todas las citas utilizadas en el documento abierto de OOo se muestran en este lugar.
• 'Non-classified': muestra todas aquellas referencias que no se encuentran en 'All my references'.

Lista de Referencia

Aquí se muestran todas las referencias asociadas a la entrada selecionada. Del mismo modo, presionando con el botón derecho del mouse sobre cada referencia o utilizando el menú 'Reference' se puede manipular cada una de ellas. Una manera importante de manipular las referencias es mediante 'agarrar y soltar'. Por ejemplo, en la figura de abajo, si quisiera asociar la referencia seleccionada 'Alvarez2001' con la entrada 'Reference/hake' [hake: 'merluza'] -ya que se trata de una referencia a ese pez-, sólo tengo que agarrar y soltar la referencia en esa entrada. Si se selecciona esa entrada vemos la referencia allí. Si la entrada relacionada se halla en una subcarpeta, podemos abrirla moviendo el cursor sobre el signo (+) al lado de la entrada padre y la subcarpeta se abre. Es importante saber que comprendas que ocurre en realidad cuando se realcionan referencias y entradas: En ningún caso se mueve la referencia a una entrada -como si movieras un archivo a otra carpeta: se trata de una única base de datos-. Lo que ocurre es crear un lazo que relaciona la referencia con la entrada. En Linux hablaríamos de un enlace simbólico. Debes tener presente que puedes agarrar las referencias desde cualquier entrada, pero sólo puedes soltar en la entrada 'Referencias' y sus hijos -i.e. 'subcarpetas'-, por la sencilla razón que no tendría sentido agarrar sobre el resto de las entradas cuando su contenido es definido por Bibus. Por defecto, agarrar y soltar es algo parecido a 'Cortar/Pegar', pero en algunos casos (cuando la referencia no puede ser borrada de la fuente) es realmente Cortar/Pegar. Lo importante a saber es que, en tanto se trata de crear enlaces simbólicos, no consume nada de recursos de disco. Así que no duden en asociar una referencia con varias entradas. Como se trata de un enlace, si modificas la referencia en alguna de las entradas, ten en cuenta que se modificará la referencia en las restantes entradas. Y si se tratara de una base compartida, ella se modificará para los otros usuarios de la base de datos. Apretando el botón derecho del mouse sobre una referencia, se te ofrecen las siguientes opciones:

• etiquetar la referencia
• editar la referencia
• crear una referencia nueva
• borrar la referencia

Editar/Crear una referencia

Editor de la Referencia

Para editar o crear una referencia, se selecciona Editar (Nuevo, en el caso de una referencia nueva) en el menú emergente o en el menú 'Reference'. También se puede hacer doble click sobre la referencia seleccionada. Se abrirá frente a tus ojos un editor de la referencia, el cual te permitirá modificar y ver todos los campos disponibles a tal fin. Tenemos tres pestañas:

• Main Fields: son los campos que casi siempre han de llenarse en la mayoría de los estilos.
• Supplementary Fields: pueden ser llenados parcialmente y se corresponden con los campos utilizados con menor frecuencia en el tipo de referencia (por ejemplo, el número de volumen de un artículo).
• Other Fields: son los campos que pueden o no ser de utilidad.

Existe un selector en la parte de arriba para seleccionar el tipo de referencia. Por defecto es ARTICLE. Si lo modificas, verás que los campos disponibles cambian. Esto se debe a que los campos principales para un LIBRO son diferentes a los de un ARTÍCULO o los de una PÁGINA WEB. Si los valores por defecto en las pestañas 'Main/Supplementary/other' no satisfacen tus necesidades, puedes cambiarlo en 'Preferences' bajo la pestaña 'Editor'. Por defecto, no se puede modificar el campo IDENTIFIER. Esto se debe a que si se modifica puede tener efectos desagradables si la referencia que se está editando se utiliza en algún artículo que estés elaborando. Si se modificara, Bibus no podrá encontrar la referencia y así poder formatear tu artículo en OpenOfiice.org. Sin embargo, podrás modificar el identificador tildando la casilla "Edit identifier".

El campo URL - abriendo un URL (dirección web o archivo)

Si tu navegador está configurado correctamente, puedes utilizar el campo URL para colocar un link tanto a una página web como a un archivo guardado localmente. Si tuvieras una versión pdf del trabajo Marx.pdf, guardado en /home/toto/pdf/, en el campo URL colocas

file:///home/toto/pdf/Marx.pdf

Cuando selecciones 'openURL', tu navegador o lector de archivos pdf se abrirá mostrándote el documento.

Alternativamente, puedes seleccionar un directorio que guarde por defecto todos tus documentos pdf en Edit->Preferences->Paths. Seleccionas $FILE como

.../WorkDir/PaperCollection

sea en un sistema GNU/Linux como MS. Ahora utilizas

file:///$FILE/paper01.pdf (parece que file:///$FILE\paper01.pdf también funciona en MS)

Si utilizas Bibus para seleccionar el archivo pdf, aquél reemplazará automáticamente "WorkDir/PaperCollection" con $FILE.

Consejos a la hora de introducir información

• Coloca los nombres de los autores como Apellido, F M, separando los autores -en caso de que sean dos o más- con un punto y coma y las iniciales con un espacio. No coloques otra puntuación como punto seguido. Por ejemplo, Bloggs, Juan Fulano; Smith, S D. Una solución práctica es utilizar shortcuts.
• Si es necesario se pueden colocar los nombres de manera completa.
• Teóricamente, los títulos de las revistas y nombres deberían ingresarse completos con las mayúsculas corresctas, es decir, nunca con todas las letras en mayúscula. Sin embargo, los beneficios que suelen tener las abreviaturas nos indican que el modelo de PubMed es la correcta (esta solución cambiará en el futuro, ver [1]). La lista de abreviaturas puede encontrarse en 'Edit->Preferences->Advanced Preferences->Journals'. Una solución a mano es hacer uso de shortcuts.

Cómo borrar una referencia

Se selecciona una referencia, se presiona el botón derecho del mouse y se presiona "delete". También se puede elegir a través del menú. La referencia se mueve a "non-classified category". La referencia se borra de manera definitivia a través de 'Edit->Clean database ...'.

Crear y utilizar atajos

Creating and using shortcuts

The reference editor window contains a menu bar. When you first start Bibus, this menubar contains three elements (Authors, Journal and Divers). If you click in one of these categories the menu will look like this:

To insert any of the menu item in a field, just locate your cursor at the correct position in the correct field then choose the menu item. For instance, you can insert "FEBS Lett" with a single click in the corresponding menu item in the Journal field. This can save you a lot of typing (and errors).

To save a shortcut, you can either:

• Select some text in a fields and choose "Capture selection". The current selection will then appear at the bottom of the menu.
• Select "Edit shortcuts ...". In the window that appear you can edit any shortcut, sort them and capture them from the database. This last option is explained below.

Capturing shortcuts from the database. Instead of entering each shortcut by hand, you can decide that you want to capture all the author names present in the database and put them in your shortcut list called journal. Here is how to do that:

• Click on the Author menu
• Select "Edit Shortcut"
• Click the "Capture ..." button
• Select "Author" in the menuChoice
• Check "using separator" and select ";"
• Click OK
• All the authors available in the database will now appear in the Shortcut window. You can sort them in ascending or descending order
• Close the Preference editor by clicking OK

You can create new shorcut in the Edition->Preferences->Shortcut window, by clicking on "New". Then you can capture the selection as explained above.

Sharing References

• References can be shared between people using Bibus and EndNote. You can export or import by using the "Refer" filter Importing_Endnote_7_into_Bibus_with_Fedora_6_and_Bibus_1.3.
• For those on Bibus, a shared mysql database has been setup on the network to allow everyone in the organisation to share their reference lists. References in your private tree will need to be moved or copied to the shared tree (tab). This can be done by dragging and dropping the citations between trees. Or by using the Edit->Cut/Copy and Paste menu items. Note that if you drag the items they will be removed from your personal tree. If you want them to remain in your personal tree, use copy instead.
• References will have to be exported from your local EndNote or Bibus and imported into the network database for all to be able to access them.

Interacting with a wordprocessor

Bibus can interact with either openoffice or Microsoft word. The methods are very similar therefore we will only present the interaction with openoffice.

Make openoffice writer listen

Have a look at the First connection wizard tutorial after bibus installation.

Inserting a citation

Select your citation(s) and insert them directly at the cursor location. Further explanation shouldn't be necessary: just give it a try. Bibus always enters the citation into the “current” word or openoffice document.

Therefore when using Bibus, it is better to have only one document open to avoid citations being placed in the wrong documents.

Formatting the bibliography

Once you have some citations and have saved your document, you can see what the result would look like by "finalizing" the document. This option is available in the 'MS Word' or 'OpenOffice.org' menu item. This will generate a new document which will be the final output. You can also use 'Format bibliography' (format the bibliography but not the citations). The citation style can be configured to almost anything and any styles used out there. It may take some time to get it to suit your style, but once it's done it should make life easier. Styles can be shared between users through the Styles repository.

Styles

Using styles

In the 'Styles' menu there is a list of available styles. There are also options for creating, editing or loading styles from disk, and a link to the Styles repository. The currently active style is displayed on the right side of the status bar of the main window. The list of styles is divided in two parts.

• The first displayed styles are the default styles seen by all the users of Bibus. These styles are located in the Format/Styles/ directory in the Bibus installation directory. If you create a style and want to make it available to all the users, just drop it in this directory (if you have write permission) and it will appear in the menu of Bibus (after restart). You cannot edit these styles. If you choose 'Edit', Bibus will make a copy of it in order to allow editing.
• The second part of the list, after the separator under linux or just the end of the list under Windows, contains your personal styles. They are located in ~/.bibus/Styles/ on Linux and in C:\Documents and Settings\USERNAME\Application Data\bibus\Styles on Windows. You are the only user with these styles in his/her menu. (Actually another user can share them if he/she has read access to them and load them using the 'Load' item). You can freely edit these styles.

Creating a style

Creating or editing a new style is very easy. When you select 'New' the following 'Style editor' will pop up.

Style informations

You start with a style corresponding to the 'default' style of the style menu. This is a fairly reasonable style and most of the time you just have to modify few settings. In this first tab "Style information", you can put any relevant information concerning this style. It is a good idea to give an e-mail address where users can contact you and of course for which journal the style is intended.

Bibliographic index

The second tab controls how the index is formatted. The choices are easy to understand and correspond to the available choices in OpenOffice.org.

Fields formatting

This Tab controls the filters that are applied to the record fields before insertion in OpenOffice.org. On the left, there is a list of all the available reference types that OpenOffice.org knows about. The main type is of course ARTICLE and it is why we use it as the default type. If you click on any other type, for instance BOOK, you will see that all the choices are dimmed and that the first radiobox says that for BOOK you have to 'Format fields as in ARTICLE'. Therefore when you want to define a new style, in most of the cases you just have to format ARTICLE even the fields which are not relevant for an ARTICLE like 'Booktitle' or 'Editors'.

The most important part of this dialog is how authors and editors must be formatted. To help you, there is a preview that shows the result of your choices as you type. You can abbreviate the author list, if needed (for instance PNAS requires the listing of only the first 10 authors). If you choose 6 for instance, authors 1 to 6 will be listed and the 7th and followings will be replaced by 'et al.' (or something else). You can use 'singular | plural' forms. In the displayed example, you can see that Bibus will add, after the editor list, either (Ed.) or (Eds.) depending on the number of editors. Choosing 'As in database' means that you don't want Bibus to format this field. The field will be directly copied from the database to OpenOffice.org. At the top there is a checkbox 'Use current language for month'. If you check it, month will use your current language, otherwise it will be in English. The month in the database must be either in you current language or in English in order for Bibus to recognize it.

The journal abbreviation field enables to select an abbreviation for journal titles. The list of abbreviations can be found in 'Edit->Preferences->Advanced Preferences->Journals'.

Fields ordering

The last Tab controls how the fields are ordered and formatted. For instance you may want to format references as: Authors. Title. Journal (Year) Volume: pages. This can be done in this Tab. To help you, there is a preview that shows the result of your choices as you type. Till now you can't format a part of a fields (for example italicizing scientific species name), however you can find some workaround in the Community portal.

Citation

In this tab, you can define the formatting of the citations in the text. This tab is a bit special because it contains features not supported by OpenOffice.org. The configuration option in this tab are used by the 'OpenOffice.org/Finalize' menu. Because it is a one-way formatting and because it is not possible to go back to the cancel these formatting, Bibus will use these setting on a copy of your current document.

Here is a short description:

Top: You can define here, the style of the citation and the way citations are sorted when citations are fused.

Depending on the settings in the 'Bibliographic Index' tab, you will be also able to define either the formatting of the numbering or author-date:

For author-date, you must first define the template (for instance 'Author', 'Year'), then how Bibus should try to solve the duplicates. There are 3 possibilities:

• Bibus can add a letter after the year. This method will always generate unique citation markers.
• You can choose to add authors or to add their firstname. In some case this may not be possible to solve all the duplicates. Bibus will warn you if there are still some duplicates and you will have to edit them by hand.
• You can add a field. For instance, in APA style, you usually add the 'title' of the book after the author. Again, in some rare cases, it may not be enough to solve some duplicates. Again, Bibus will warn you if it is the case.

Please also have a look at the Community portal and to the forums if you have any problem Further formatting Read the OpenOffice.org help to understand how styles works in OpenOffice.org. Bibus uses paragraph and character styles to format the bibliography and the citations. You can thus re-format easily the citations and/or the Bibliography. Citation After using the Finalize function, the citations uses the character style 'bibus_citation_base'. For instance, you can choose a yellow background for this style and all the text citations will be easy to localize in you text. Bibliography The Bibliography title uses the paragraph style "Bibliography title" The Bibliography uses the paragraph style "Bibliography 1" The References use the character style "bibus_base"